Raziskovalna dejavnost inštituta poteka v okviru Programske skupine za edukacijske raziskave, ki združuje naslednje raziskovalne centre/enote:
Center za evalvacijske študije
Center za preučevanje kognicije in učenja
Center za diskurzivne študije v vzgoji in izobraževanju
Center za filozofijo vzgoje
Center za človekove pravice v vzgoji in izobraževanju
Center za družboslovne in antropološke raziskave v vzgoji in izobraževanju
Razvojno raziskovalni center pedagoških iniciativ Korak za korakom
Center za uporabno epistemologijo
Infrastrukturni center Pedagoškega inštituta
Raziskovalni centri so raziskovalno samostojne enote. Raziskovalna področja sodelavcev inštituta zajemajo razvijanje temeljnih ved kot so filozofija, pedagogika, sociologija, psihologija, lingvistika, antropologija - vse s poddisciplinami in interdisciplinarnimi preseki ter izvajanje temeljnih, razvojnih in aplikativnih raziskav na omenjenih področjih. Poleg izvajanja raziskovalno razvojnih projektov opravljajo centri še:
- usposabljanje mladih raziskovalcev;
- pedagoško delo;
- povezovanje tujih in domačih institucij ter raziskovalcev;
- druge naloge.